Skälet är klubbens nära samarbete med företaget Ldb.
– Hade klubben bara sålt namnrättigheten, men själva fortsatt att bedriva reklam- och marknadsbitarna i föreningen hade alla intäkter troligen varit skattefria i den ideella föreningen, LdB FC Malmö, säger Rolf Nilsson, samordningsansvarig på Skatteverket.
Klubbens verksamhet har vuxit stadigt de senaste åren. 2007 blev gamla Malmö FF till LdB FC Malmö och ett särskilt marknadsbolag, LdB FC Marketing AB, bildades via Hardford AB, som äger varumärket LdB.
Omsättningen har därefter vuxit från 5 till 10 miljoner och framgångarna har kommit i takt med tillgången till mer pengar.
– Klubben har släppt hela kontrollen över pr, marknadsföring och reklam till ett externt bolag. Den ersättning som klubben fått från bolaget anser vi inte är skattefri, säger Rolf Nilsson.
Skatteverkets dom och krav på inbetalning av 3,5 miljoner för 2008 och 2009 kan följas av ytterligare 1,5 miljon för 2010 eftersom upplägget har varit det samma, enligt Sportbladet.
Sören Brekell, LdB Malmös advokat, är den som ytterst får brottas med frågan.
– Huvuddelen av pengarna från bolaget till föreningen är sponsorbidrag för att spelarna har namnet LdB på tröjorna. Bara för att LdB vill ta snabbare och bättre kontroll över sitt varumärke så anser Skatteverket inte att det är sponsring längre. Det är helt galet, säger Brekell.
– Om Skatteverket anser att intäkterna ska beskattas så borde klubben även få göra avdrag för kostnader som spelarlöner och liknande, men de godkänner inte det heller, fortsätter Brekell i Sportbladet.
Han påpekar också att klubben ska överklaga till Skatteverket som redan har gett anstånd med betalningen till dess att ärendet är prövat i högre instans.